第一、用戶體驗不同。微商城開發是借助HTML5技術，在穩定性和流暢性上，肯定是比不了原生態app的。小程序，開發后效果接近原生態app，用戶體驗很好，由于小程序無需安裝、注冊等步驟，開發時就不用考慮針對不同應用系統而單獨開發，也不用擔心手機型號不同的，兼容性問題，使用小程序則加載更快，體驗更流暢。

第二、操作方式不同。微商城，是基于微信公眾號開發的，需要用戶關注服務號，然后點擊自定義菜單，才能進入對應的頁面。整個步驟算下來至少三步，如果是用訂閱號開發的，功能多，操作步驟至少要四步，整體層級比較多，顯得繁瑣。小程序，是基于微信開發的，沒有任何層級，用戶可直接掃碼或者點擊就能打開，可謂一步到位，可以說是功能強大，易操作，更有利于商家推廣和留存客戶。

第三、運營方式不同。微商城，是基于公眾號粉絲運營的，不管是原創文章或者搞各種營銷活動，都是為了吸引用戶關注，利用營銷手段來引導他們在商城里消費。所以做微信商城只是一個開始，后期需要想方設法吸引別人關注。

小程序，本身就很簡單，就是基于用戶的使用和消費場景，如用戶需要購買什么東西，剛好有個對應的小程序出現，交易就能達成，省去了中間所有的環節，更不需要商家想方設法的去吸引粉絲，買關注。

第四、入口不同。微商城的入口分別是：公眾號菜單、朋友圈、微信群。小程序的入口分別是：附近的小程序、搜一搜、公眾號圖文推送、公眾號菜單、朋友圈、微信群、長按二維碼識別、會員卡直接打開小程序。